Скачиваем необходимые сертификаты используя прямую ссылку на них (это может быть как сайт, так и локальный репозиторий)
wget -c http://пример.рф/сертификат.cer
В примерах соответственно заменить сертификат.cer на свой сертификат
Установка сертификата в «Доверенные корневые центры сертификации» производится в хранилище uRoot
/opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr -install -file сертификат.cer -store uRoot
Установка сертификата в «Промежуточные центры сертификации» производится в хранилище uca
/opt/cprocsp/bin/amd64/certmgr -install -file сертификат.cer -store uca